ملاصدرا در بخش طبیعیات اسفار، وقتی بحث را با احکام «جوهر» و «اجسام» آغاز کرده، بر اساس سنت مشایی، ابتدا به «هیولی» می‌پردازد و فن چهارم این باب را در «اثبات طبایع» برای اجسام اختصاص می‌دهد. در نگاه حکمای مشایی، اجسام، علاوه بر جنس، دارای صور نوعیه هستند که سبب می‌شود دارای انواع و ویژگی‌های مختلف باشند. وی سپس در باره اهمیت این صور نوعیه، در خصوص ویژگی‌های اجسام بحث می‌کند، ویژگی‌هایی که نه می‌تواند مربوط به جنس باشد، و نه ربطی به هیولی دارد، و بنابر این باید ریشه در صور نوعیه داشته باشد.
وی می‌گوید، این ویژگی‌ها را مستقیم هم نمی‌توان به خدا نسبت داد، چون نسبت خدا با همه اشیا نسبت واحدی است، پس باید منشأ دیگری داشته باشد که همان صور نوعیه است. البته این سخن، نافی قول به وجود فاعل مختار نیست که از روی حکمت این کارها را می‌کند. همین که هر جسمی، ویژگی خاص خود را دارد، می‌تواند نشان دهد که کار به فاعل حکیم و فاطر علیمی مربوط است که صور نوعیه را ایجاد کرده است.
در این میان، البته کسی که فاعل مختار را به گونه‌ای می‌پذیرد که اراده‌ای بدون انگیزه و حکمت دارد، نمی‌تواند صور نوعیه را اثبات کند [این که به جسمی نوعی از ویژگی داده شود]، چرا که پذیرفتن یک اراده بی حکمت و بی دلیل [گزافی] اعتماد به محسوسات [دریافت‌های علمی] را از بین برده، و هیچ جایی برای تأمل در مقدمات و علوم نظری باقی نمی‌گذارد. ملاصدرا سپس شرح می‌دهد که چنین نگاهی، سبب می‌شود تا همه چیز درهم ریخته به نظر آمده، و اشیا عالم چنان دیده شود که گویی چیزی سر جای خود نیست.
او می‌گوید، کسانی که مخالف حکمت و فلسفه هستند، چنین عقیده‌ای دارند و این هم جز به خاطر حب جاه و تفوق بر اقران و دیگران از روی امراض نفسانی نیست، چیزی که در وجودشان استقرار یافته و سبب شده است تا از یادگیری فلسفه و حکمت پرهیز کرده، به انکار حکمت بپردازند تا کسی قادر نباشد، اصول فاسده ای را که از معلمان خود از روی تقلید فراگرفته اند، دچار تشویق و تردید کند. این گونه باورها، با آن بیماری‌ها و عادات، و نیز اِعراض از علوم حقه و حکمت، سبب شده است تا افکار و دیدگاه‌های قشری سبب شود تا چنین نظری درباره فاعل مختار داشته باشند. اینها در نقد تفکر اشاعره است.
او ادامه می‌دهد که اینان قُطاع راه آخرت بر مسلمانان هستند، و اینان
«معطله» دوران اسلامی «الدوره الاسلامیه» و مانند سوفسطائیان قدیم اند.
آنگاه از بعض المحققین نقل می‌کند که ظهور این آرا، سبب نابودی فلسفه از
روی زمین شده است.
ملاصدرا در ادامه نسبت به این که ممکن است کسی بگوید
این ویژگی‌ها در اجسام، ناشی از اَعراض است نه صور نوعیه که خود جوهر
هستند، استدلال‌های آنها را نقل و به آنها پاسخ داده است. این پاسخ بر اساس
طبیعیات قدیم، و مثال‌ها هم همان حرارت و برودت و جز اینهاست. در این
نظریه، «طبع و استعدادِ» موجود در اجسام، محور بحث است، چیزی که سبب اعطای
صور نوعیه از سوی واهب الصور و با اذن خالق می‌شود. وجود «طبع» در اجسام
است که زمینه را برای اعطای صور نوعیه فراهم می‌کند.
وی پس از شرح این نظریه که صور نوعیه موجود در اجسام، سبب ویژگی‌های خاص آنهایند، و این که نمی‌توان این ویژگی‌ها را به اعراض نسبت داد، نظریه فلاسفه الهی اشراقی را بیان می‌کند که این خصوصیات را نه به صور نوعیه، بلکه به رب النوع نسبت می‌دهند. او سلسله‌ای از فلاسفه اشراقی از افلاطون تا حکمای فرس قدیم، یعنی پیش از اسلام تا شیخ اشراق را یاد می‌کند که روی این نظریه تأکید دارند. این مسأله با بحث باور به عقول هم پیوند دارد، و به هر روی، در این نظریه، این رب النوع ها هستند که کار صور نوعیه ای را که مشائین در کنار جنس برای «جسم» هر دو به عنوان جوهر معین کرده اند، انجام می‌دهند.
این عقیده در باره افلاک، خیلی روشن‌تر بیان شده، و آن این است که همه افلاک، دارای «نفس» هستند. در واقع، این جماعت، قائل به افلاک نوریه هستند و این نظریه عقول هم در حقیقت از نظر مراتب با همین افلاک و سماوات پیوند دارد، یعنی گویی همان نفسی است که در افلاک است، حال عقول عشره یا بیشتر.
همه این مقدمات را عرض کردم تا نکته‌ای را که ملاصدرا از قول اشراقی‌ها به عنوان استدلال نقل کرده و آن هم در باره فلسفه فرس قدیم بیان کنم.
در واقع، استدلال بر این که ارواح یا نفس یا عقل در افلاک هست، چیست؟ منجمان که در این باره چیزی نمی‌گویند و فقط به رصدهای خود می‌پردازند. از کجا این اعتقاد درآمده است؟
ملاصدرا در اینجا عبارتی را از فیلسوفان اشراقی نقل می‌کند که در مقام مقایسه میان دو سبک از استدلال «تجربی و کشفی»، قابل تأمل و محل بحث در این یادداشت است.
یک طرف منجمان و دهری‌ها و حکماً هستند که برای نجوم چنین ارواحی را قائل نیستند، یا کاری به آن ندارند و بیش از همه به رصدهای جزئی ستارگان می‌پردازند، و با این محاسبات، حرکت آنها و اوقات و مسائل دیگر نجومی را تعیین می‌کنند.
اما طرف دیگر، فلاسفه اشراقی و حکمای فرس و افلاطون و فیثاغورس به گفته ملاصدرا هستند که با کشف و شهود و ریاضات، حقایقی را در باره افلاک به دست آورده، حقایقی که می‌گوید افلاک نوری هستند و نفس یا عقل در آنها هستند.
اکنون بین این دو سبک استدلال چه باید گفت؟
اینجا ملاصدرا، موضع خودش را حد فاصل مشائین و اشراقیین قرار می‌دهد. از نظریه رب النوع افلاطون دفاع می‌کند، و می‌گوید در جاهای دیگر هم از آن دفاع کرده است. در عین حال، در بحث صور نوعیه، بر اساس روش مشایی، قائل به نوع در کنار «جنس» بوده و معتقد است که صور نوعیه در اجسام است که در کیفیات آنها منشأ اثر است و در واقع چنین می‌نماید که منافاتی میان نظریه افلاطون و اشراقی‌ها با مشائین وجود ندارد. شاید یکی علت بعید و دیگری علت قریب است.
اما نکته ما، یعنی مقایسه دو سبک استدلال، نکته‌ای است که اشراقی‌ها گفته اند و ملاصدرا نسبت به آن ساکت است. برای ما فعلاً اصل این مطلب اهمیت دارد نه این که لزوماً ملاصدرا با آن باور دارد یانه. مهم اصل استدلال در فلسفه اشراقی است که میان «رصدهای جزئی ستارگان توسط منجمین» (اصحاب الارصاد الجسمانیه) با «دریافت های اشراقی و ریاضتی مقایسه کرده» و می‌گویند، چرا رصدهای آنها باید قبول باشد، اما دریافت‌های اشراقی محل تردید باشد؟
این عبارت از نظر مباحث شناخت شناسی جالب است: فإذا اعتبر رصد شخص أو أشخاص معدوده من أصحاب الأرصاد الجسمانیه فی الأمور الفلکیه حتی تبعهم غیرهم ممن تلاهم و بنوا علیه علوما کعلم الهیئه و النجوم – فلیعتبر قول أساطین الحکمه و التأله فی أمور شاهدوها بأرصادهم العقلیه بحسب خلواتهم و ریاضاتهم فیما شاهدوها من العقول الکثیره و هیئتها و نسب‌ها النوریه. [اسفار: /۱۶۴]
معنایش این که: زمانی که رصد یک شخص، یا اشخاصی معین از اصحاب رصد جسمانی [منجمان] در امور فلکی چندان معتبر است که دیگران باید از آنان پیروی کرده و علوم خود، مانند علم هیئت و نجوم را بر آن رصدها مبتنی کنند، طبعاً، می باید قول بزرگان حکمت و الهیات در اموری که با رصدهای عقلی بر اساس «خلوت گزینی و ریاضت کشی» در باره مشاهدات خود از عقول کثیره و هیئت آنها و نسبت‌های نوری [افلاک] می‌آورند نیز معتبر باشد.
در اینجا، دو درک و خروجی ناشی از دو روش معرفتی در کنار هم گذاشته می‌شود: یکی رصدهای انجام شده در رصدخانه‌ها توسط منجمان، و دیگری دریافت‌های شهودی از افلاک با کمک ریاضت کشیدن و خلوت گزیدن. ادعا این است که اگر آنها معتبر است، اینها هم باید معتبر باشد.
طبیعی است که نظر رصدی منجمان، به آن دلیل قبول است که آثارش مکشوف است و می‌شود با آن خسوف و کسوف را معین کرد، و وقت و زمان را شناخت و فصول را تمییز کرد. اما کشفیات ناشی از شهود، چطور باید اثبات شود؟
اصل این بحث از سوی اشراقی‌ها، اشکال به مشائین است و لذا همین جا، می‌گوید، همین حکمای مشایی، به گفته‌های «اصحاب رصدهای جسمانی» یعنی منجمان اعتماد می‌کنند، چنان که ارسطو، رصد بابلی‌ها را پذیرفته و نظریاتش را بر آن مبتنی کرده است. بنابر این، چرا نباید ما رصد «اصحاب رصد روحانی» را بپذیریم؟
اگر ما بپذیریم که تفکر اشراقی، به عنوان مهم‌ترین شیوه تفکر در جهان ایرانی بوده، یعنی فارسیان قدیم و حکمای اشراقی بعدی، و در مجموع ادبیات عرفانی که در میان ما بسیار اهمیت دارد، در آن صورت، می‌توانیم اهمیت بی توجهی مان را به «تجربه» یا همان رصدهای جزئی، در قبال دریافت‌های شهودی درباره هیئت و نسبت دادن ارواح به افلاک و غیره، ریشه یابی کنیم.
ملاصدرا گرچه این جمله را از دیگران نقل می‌کند، و در نقد خود، روی صور نوعیه به عنوان یک جوهر، برای تعلیل کیفیات متفاوت در اجسام تأکید دارد، اما همچنان اصرار می‌کند که نظریات افلاطون را در باب رب النوع قبول دارد. «قد ذَبَبنا عن إثبات المُثُل النوریه الأفلاطونیه، و أحکمنا بیان‌ها بما لا مزید علیه»، او می‌گوید که در جای دیگری، از نظریه مُثُل نوری افلاطونی، دفاع کرده است» [اسفار: ۵/۱۶۵]
مسیر تفکر اشراقی در میان ما که همزمان در عرفان و تصوف، در حکمت متعالیه، و نیز ادبیات ما جاری بوده و هست، ذهن تجربی را در مقابل دریافت‌های شهودی تحقیر و منزوی کرده و این می‌تواند یکی از دلایل ضعف توجه ما به علوم تجربی باشد.
