از آثار منحصر به فرد در میان آثار علمای شیعه، کتاب مسکن الشجون فی حکم الفرار من الطاعون، از سید نعمت الله جزائری (م 1112) شاگرد علامه مجلسی است. او در این کتاب، از طاعونی که در سال 1102 در مناطقی از استانبول تا عراق و جنوب ایران را فرا گرفت سخن گفته است. وی این کتاب را یک سال پس از طاعون یعنی 1103 در شهر شوشتر نوشته است.
جزائری کتاب یاد شده را در پنج باب نوشته است: باب اول درباره مرگ و عجایب آن؛ باب دوم درباره اسباب طاعون؛ باب سوم درباره حکم فقهى فرار از آن؛ باب چهارم درباره اجل؛ و باب پنجم درباره وظیفه علما و حکام در قبال این گونه بلایا. در این کتاب اطلاعات پراکنده خوبی از دوره صفوی هست که همه اینها را سابقا در مقاله ای بر اساس نسخه شماره 3442 مرعشی نوشته ام.
جزائری می گوید: در سال 1102 طاعون در بلاد روم، یعنى در استانبول و شامات شایع شد. طاعون از آن‌جا به بغداد و مشاهد معظمه رفته و ساکنان فرات را نیز فرا گرفت؛ پس از آن به بصره و از آن‌جا به هویزه و دورق رسید. این طاعون، بویژه سبب شد تا در هویزه و دورق تعداد زیادى از علما و صلحا و زهاد و عبّاد تلف شده و مدارس و مساجد خالى شود. المقامات (نسخه 3496 مرعشى) برگ 322).
در آن زمان، عِلْم و دانش، نوحه‌گر آنان شد و نماز بر فقدانشان گریست. سید نعمت‌اللّه آن سال را «عام الحزن» مى‌نامد، مانند همان نامى که رسول خدا(ص)ه براى سال وفات ابوطالب و خدیجه برگزید. نیز آن را سال تناثر النجوم مى‌نامد، نام سال 329 که مرحوم کلینى و جماعت دیگرى از علما، در آن درگذشتند.
جزائری درباره اسباب شیوع طاعون، مطالبى را بیان مى‌کند. به عقیده وى یکى از آن‌ها، لطافت هواست که زود متعفن مى‌شود، نظیر شام. گرچه فسق و فجور نیز سبب دیگرى است و البته همین که در شام، قبور بنى‌امیه وجود دارد، براى شیوع طاعون کافى است. وى شیوع طاعون در بغداد را نیز به سبب وجود برخى از قبور در آن‌جا دانسته است.
وی می گوید: در این سال، وبا و طاعون در جزایر میان بصره و بغداد نیز شایع بوده است؛ اما جزائر طرف هویزه، که همگی شیعه علی بن ابی طالب هستند، هیچگاه محل وبا و طاعون نبوده است. در بصره نیز طاعون آمد و از نظر سید نعمت‌اللّه، این امر عجیبى نیست؛ چرا که پیش از آن نیز سابقه داشته است. جزائری می گوید ما از بیست سال پیش به این طرف شاهد خرابی بصره بوده ایم و امسال نیز آن‌جا را طاعون فرا گرفته است.
درباره هویزه می گوید تاکنون نشنیده است که قبل از این طاعون در هویزه آمده باشد، اما این بار از طریق بصره در این دیار نیز شایع شده، چرا که برخى از بیماران به آن‌جا آمده‌اند.
سیّد جزایرى در باره وظایف حُکام و علما در قبال نزول این گونه بلایا مى‌گوید: این وظیفه علماست تا با اولین وجود علایم بیمارى وبا و طاعون، مردم را هشیار سازند. در مرحله نخست، مردم را توبه و استغفار دهند و بعد از آن، آنان را از ارتکاب معاصى دور کرده، به دادن صدقه و سه روز روزه گرفتن ترغیب کنند. همچنین مردم را اعم از پیرزن و پیرمرد و اطفال و نیز حیوانات را به خارج شهر در محل شریفى ببرند تا به گریه و زارى و دعا بپردازند. همراه اینان، باید اغنیا و اشراف و امراء نیز باشند؛ چرا که خداوند سر آن دارد تا جبّاران را در برابر خود متواضع و خاضع ببیند.
جزائری می افزاید: وظیفه علما است تا مردم را به نقاط مرتفع ببرند وآب را از سرچشمه مصرف کنند. اگر در جمع شدن آن‌ها ضررى وجود دارد، باید متفرق شوند.
وی در نهایت تأکید می کند: علماى ما متفقند که در این موارد، مردم حق فرار دارند و کسى نباید آن‌ها را به دلیل فرارشان متهم به گناه نموده، مانع از رفتنشان شود.
دو پاراگراف اخیر وی، نکات بسیار مهم و اساسی هستند.
